人类文明进入动乱的时代,地球笼罩在战火之下,各大主要城市相继沦陷,人类四散而逃,血流成河。虽然星野铁郎(野沢雅子 配音)破坏了机械化星球,但是机器人与人类的战争仍在继续,并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头,铁郎得到来自梅蒂尔(池田昌子 配音)的信息,要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下,铁郎穿过一道道火线,经过几番周折,终于登上了久违的银河铁道999号,重新起始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程…有些爱,一旦起始,就注定覆水难收。
本片为《银河铁道999》第二部剧场版动画。